南京果果食品有限公司按照“品质控制标准化”的方针，把产品研发、质量控制，放在十分重要位置。公司专设理化、微生物实验室、研发室、精密仪器室、产品陈列室等，拥有各类仪器20台。
果果公司与南京农业大学共建“南京豆制品生物加工工程技术研究中心”，与南农大食品科技学院建立了紧密的合作关系。食品科技学院食品微生物研究室主要研究方向是食品微生物与发酵工程、食品安全与免疫，包括优良微生物的开发利用、功能基因的克隆和重组、益生菌发酵产品研制、功能性发酵食品或药品新型高效发酵技术、微生物发酵工艺的设计和放大等。
公司特聘食品微生物研究室主任董明盛教授为公司的技术顾问，他是农业部攻关项目“大豆精深加工工程及其产业化研究”的首席专家，“超高压技术在大豆营养保健豆乳及其衍生食品加工中和应用中试与示范推广”的骨干成员。
